O início da Paróquia Menino Deus e Santo Antônio, localizada no Bairro Alto em Botucatu se deu por volta dos anos 30 com a doação de terras no alto da cuesta de Botucatu em homenagem a Santo Antônio. Em 1934 a capela começou a ser edificada, ficando pronta um ano e meio depois. Em estilo de castelo francês, e com aplicação de azulejos vindos de Portugal, todos os sitiantes da região colaboraram.
Durante muitos anos era celebrada uma missa apenas uma vez por mês, o dia do Padroeira era comemorado com grande entusiasmo e festejos. Na década de 50 alguns moradores solicitaram ao então bispo, Dom Henrique, que transferisse a capela para o centro do Bairro Alto onde havia terras da Diocese. As famílias que doaram as terras da capelinha de Santo Antônio não concordaram com a mudança.
Com esse impedimento, a resolução da comunidade da época que seria construída outra igreja que teria como patrono o Menino Deus, permanecendo assim a capelinha de Santo Antônio. Rapidamente foi construída a nova igreja no bairro, no ano de 1969 foi criada então a Paróquia Menino Deus e Santo Antônio.